Từ ngày 01/10/2009, Hiệp định đối tác kinh tế Việt - Nhật (VJEPA) chính thức có hiệu lực. Theo cam kết, các mặt hàng sẽ được cắt giảm thuế theo lộ trình. Trong đó, Nhật Bản cam kết bỏ 7.220 dòng thuế ngay khi hiệp định có hiệu lực, Việt Nam cũng cắt bỏ ngay 2.586 dòng thuế.

Trong vòng 10 năm, tự do hóa khoảng 92% kim ngạch thương mại 2 chiều. Về phía Nhật sẽ tự do hóa 95% kim ngạch thương mại trong 10 năm và Việt Nam là 88%. Các mặt hàng của Việt Nam xuất khẩu vào Nhật được hưởng ngay thuế suất 0% như: dệt may, cơ khí, cáp điện, máy tính, linh kiện, đồ gỗ, tôm, các sản phẩm từ tôm, hoa cắt cành, sầu riêng, đậu bắp…

Tuy nhiên, do trước đó, Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện ASEAN – Nhật Bản (AJCEP) đã có hiệu lực (từ ngày 1-12-2008) nên nhiều mặt hàng của Việt Nam xuất khẩu vào Nhật đã được hưởng thuế suất ưu đãi trước thời hạn có hiệu lực. Hiện nay, AJCEP mới được cộng gộp từ 8 nước (trừ Indonesia, Philippines, Campuchia) chưa phê chuẩn. Trong khi VJEPA được cộng gộp từ 11 nước ngay khi có hiệu lực. Khi VJEPA chính thức có hiệu lực, các DN có thể so sánh, lựa chọn biểu thuế giữa AJCEP, VJEPA và MFN (thuế thông thường) để xin mức thuế suất thấp nhất.

Hiện thủy sản, dệt may, da giày là 3 mặt hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam tại thị trường Nhật. Thương mại hai chiều giữa Việt Nam và Nhật Bản năm 2008 đạt trên 16 tỷ USD, vượt xa mục tiêu do lãnh đạo cấp cao hai nước đề ra là 15 tỷ USD vào năm 2010. Dự kiến, thương mại 2 nước sẽ đạt khoảng 18 tỷ USD trong năm 2010.

Theo SGGP